納濾膜系統設置膜性能的在線監測，在每個系列的每個支架上均安裝流量、壓力和電導率傳感器，實時自動計算納濾膜的進水量、產水量和水頭損失等。
所有納濾膜系列的計算也可以實時在線進行，上一級即第二級控制，是一個監管整個水處理設備的中央處理裝置，它們從下一級即第一級的控制器收集數據，并可以以圖表的形式打印出歷史數據。
膜系列過程控制第一級結構示意圖
此外，納濾膜裝置的每個系列還設有獨立的控制系統，它們管理著該系列傳感器的測量和計算，8個系列的8臺控制系統受中央故障-安全a控制系統的監管（如上圖所示），這個中央控制系統根據總產水量來進行協調各系列之間的運行關系，當執行清洗時，另一個故障-安全控制系統監管8個系列的8臺控制系統。
納濾膜的滲透水量被標準化到25℃（77℉），根據每個支架上的產水和濃水安裝的電導率儀進行計算，并考慮了膜兩側的滲透壓。水頭損失系數對應于考慮了流量波動之后由潛在納濾膜的污堵引起的水頭損失，計算值也被標準化到25℃。
根據標準化后的滲透水量的損失百分數或水頭損失增加的百分數，激活污堵的設計極限值。
納濾膜系統的控制系統將計算滲透水量兩種極限值：即根據清洗后每段開始投運條件下的水通量損失率和根據系列最初投運時為基準的水通量下降計算值。
這樣的計算結果將讓操作者獲得每個系列裝置在其每一個產水---清洗周期內的納濾膜堵塞程度，可以評估膜以總產水量計隨時間的變化趨勢，并有可能估算出清洗操作的效率。當任一系列達到上述任一限制值時，該系列控制系統就會發出清洗本系列的命令，啟動清洗的條件是產水量下降25%或任一段標準壓力增加25%。
