有幾種情況是造成納濾膜的污堵原因，膜系統的進水水質取決于水質，例如河水水質會隨季節發生變化，由于納濾膜的污堵與給水水質密切相關，一年中不同的季節會出現特征明顯不同的污堵現象。
碳酸鈣（CaCO3）沉淀取決于進水的pH值。由于使用了阻垢劑，為了防止濃水中碳酸鈣沉淀，僅需使納濾膜進水的pH值降至7即可，這樣能夠大大節省調節pH值的硫酸用量。
針對納濾膜系統，在絮凝階段的整個系統進水中就降低pH值，以便在預處理階段提高TOC和游離鋁離子的脫除率。如果在預處理酸化處理部分出現了誤操作，即在納濾膜本體進口直接加硫酸將pH值調低到7，會導致在膜系統第三段迅速地發生污堵。
分析表明第三段濃水中鋁的濃度很高，下圖說明這種污堵可能是由于納濾膜濃水側存在大量鋁所引起的，隨著濃水中鋁濃度的增加，產水量隨時間的下降程度會加劇。
通過小試獲得了使用鋁鹽進行絮凝的適當pH值范圍，根據鋁的溶解度曲線，pH值在6.8~7.0之間，水中殘留鋁離子的量最低，此外，在預處理中，TOC的脫除也取決于水的pH值，效果比較好的pH值范圍是6.8~7.0。
凝絮如果不是在此pH值范圍進行，當再加入酸時，將會發生沉淀，在納濾膜的濃縮過程中，這種現象會加劇，因為除了沉淀之外，在膜的濃水側，還存在鋁離子濃縮倍率因素的影響。
