生物污堵是操作陶氏納濾膜系統時，最常見且最嚴重的問題，特別是在使用地面水或有細菌污染的水源，控制微生物的活動尤為重要，適當的設計與操作陶氏納濾膜預處理系統十分必要。取樣和分析過程的訓練應作為操作培訓的一部份，這樣任何微生物活性的增加，早期時即可處理。
如果陶氏納濾膜系統現場沒有分析微生物樣品的實驗設備，需找尋合適的實驗室來做分析工作。若不能在現場分析，樣品需先放置在冰箱內，并應在取樣8小時內，進行分析。
陶氏納濾膜系統設置合適的取樣點控制微生物，至少需要在以下位置設置取樣點：
1、在加氯之前地表水取水點或井水出水口取樣。
2、在澄清池、沉淀池、活性污泥接觸單元或類似沉淀工藝過程之后進行取樣。
3、在砂濾、多介質過濾、活性炭或其他預處理過濾單元之后取樣。
4、除氯并位于最后預處理系統之后進行取樣。
5、濃水中和產水中分別設置取樣點。
取樣和分析的次數根據陶氏納濾膜發生生物污堵的風險而定，對使用地表水的陶氏膜系統，上述提到的第4取樣點應每日檢查，其它各取樣點則每周取樣和分析一次。
