從腐蝕的觀點來看，納濾膜系統的運行環境普遍比較惡劣，因此其建造材質須具備相當程度的抗腐蝕性，包括暴露于有飛濺、潮濕和含鹽霧中的設備外表面及接觸不同水質的納濾膜系統內表面。
如果不低估納濾膜系統外表面的腐蝕問題時，一般采用表面涂層（如上油漆或鍍鋅等）對可能會腐蝕的材質如低碳鋼和鑄鐵做防腐處理，或建立一套定期沖洗、清洗和補漏等維修計劃。
選擇內部與溶液接觸的材質才是一件更復雜的工作，所選用的材質除了須承受納濾膜系統的運行壓力、振動及溫度等變化之外，還須能夠抵抗進水及濃水中的氯離子的腐蝕，產水低pH值對管路的腐蝕以及納濾膜清洗化學藥品的腐蝕等。
腐蝕產物會造成納濾膜的污堵，加快膜的非正常降解，因此從預處理系統開始，設計者一定要重視防備系統所有過流部分的腐蝕問題，須選擇由耐腐蝕材料制作的管道、儀表、閥門、水泵、過濾設備、水箱和儲槽等。根據不同部件的使用特點以及納濾膜系統原水和產水水質的特點，可使用塑料、不銹鋼、鋼襯膠或鋼襯塑和玻璃鋼復合材料等。
就反滲透膜或是納濾膜本體而言，高壓泵、高壓管路及保安濾器材質均應選用不銹鋼，而產品水輸送管和儲槽一般采用非腐蝕的PVC、UPVC、ABS工程塑料和玻璃鋼復合材料等，而選擇襯膠管線通常不是現實，因為納濾膜系統本體通常采用緊密的管線設計，而且需要使用不少的聯接件與配件。
