在反滲透膜系統的第一段和最后一段常常發生硅酸鋁的污堵，低濃度的鋁（例如50ppb）就會引起系統性能的下降，原因如下：
1)鋁會與硅反應，即使硅濃度較低（10ppm）同樣會導致反滲透膜硅酸鋁污堵，因此在預處理部分使用含鋁的化合物將顯著地增加鋁污堵的風險，此時，建議不要使用含鋁的產品，而是使用含鐵的產品。
2)低pH（<7）將影響鋁的溶解度，根據原水組成，只要不會形成反滲透膜碳酸垢污染，建議系統運行pH在7~9之間。
3)聚合物類阻垢劑（如丙烯酸類）對鐵和錳等重金屬更為敏感，因此選擇適宜的阻垢劑十分重要，否則，阻垢劑就會失去作用（即阻垢劑本身中毒），從而出現反滲透膜的結垢現象或出現阻垢劑本身的污堵。阻垢劑本身的污堵產物將會成為微生物的養份，進而發生反滲透膜生物污染。
4)微細淤泥/砂粒，處理部分應當設置超濾膜或微濾膜以除去淤泥/砂粒，有時還需要使用絮凝劑讓它們變大以提高微濾膜/超濾膜的脫除效率。
當不在反滲透膜原水中投加絮凝劑和阻垢劑時，一般允許進水中鐵、錳和鋁的指標如下：
注：由于絮凝劑和材料腐蝕也會引起反滲透膜鐵和鋁的污堵，須在進水或出水中分析這些離子的含量。
