一般地，含鹽量為苦咸水范圍的某些井水水源是呈還原態的，這類水源的典型特點是含有二價鐵離子和錳離子，此時反滲透膜發生污堵的主要原因之一就是鐵、鋁和淤泥（硅酸鐵或硅酸鋁），如果對這類需要反滲透膜處理的水源進行加氯處理，然后進行脫氯處理或水中含氧量達到5ppm以上，二價鐵就會轉化成三價鐵，并形成難溶性的膠體氫氧化物顆粒。
下面為亞鐵和錳的氧化反應：
因為鐵氧化發生的pH值更低，使得反滲透膜鐵污堵出現的頻度比錳污堵要高得多。即使SDI15小于5，反滲透膜進水中的亞鐵含量低于0.1mg/L，仍然會出現反滲透膜的污堵問題。由于FeCO3的溶度積低，而Fe2+的濃度則受到FeCO3溶解度的制約，通常堿度低的水源含鐵的濃度比堿度高的水源要高。
引起反滲透膜膜面上沉積可溶性的二價鐵和相關三價鐵的污染物的可能情況為：
? 氧氣進入到含二價鐵的反滲透膜進水中；
? 高堿度水源形成FeCO3；
? 鐵與硅反應形成難溶性的硅酸鐵；
? 受鐵還原細菌氧化作用影響，將會加劇生物膜的滋生和鐵垢的沉積；
? 由含鐵絮凝劑轉變引起的膠體狀鐵；
? 來自鋼管或其它部件腐蝕產物的沉淀；
? 含二價鐵的水源與含H2S的水源混合，形成黑色難溶硫化鐵FeS。
處理這類水源的一種方法是防止反滲透膜整個系統與空氣或任何氧化劑(如氯)的接觸，低pH值有利于抑制Fe2+的氧化，當pH<6，氧<0.5mg/L時，允許Fe2+濃度不超過4mg/L。
